ماده ۵- ارکان تابعه سازمان به شرح زیر می‌باشد:
الف- مجمع عمومی نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در این قانون «مجمع» نامیده می‌شود.
ب– شورای عالی نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در این قانون «شورای عالی» خوانده می‌شود و دبیرخانه آن در سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران که در تهران است مستقر می‌باشد.
ج- رئیس کل.
د- هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان‌ها و شورای هماهنگی استانی.
تبصره- وظایف و اختیارات و ساختار تشکیلاتی شورای هماهنگی استانی به پیشنهاد رئیس کل به تصویب شورای عالی خواهد رسید.
هـ – هیات‌های انتظامی رسیدگی به تخلفات صنفی و حرفه‌ای شاغلین گروه پزشکی و حرف وابسته.
و- بازرسان.
ز- صندوق رفاه و تعاون.
ماده ۶- ترکیب مجمع سازمان به شرح زیر می‌باشد:
هیات مدیره نظام پزشکی هر یک از شهرستان‌ها با توجه به تعداد شرکت کنندگان در انتخابات هیات مدیره شهرستان مذکور، یک یا چند نفر از بین خود را به عنوان نماینده خود برای تشکیل مجمع عمومی به ترتیب زیر معرفی می‌نماید:
الف- تا پانصد نفر شرکت کننده در انتخابات، یک نفر.
ب- از پانصد و یک تا هزار نفر شرکت کننده در انتخابات، دو نفر.
ج- از هزار و یک تا هزار و پانصد نفر شرکت کننده در انتخابات، سه نفر.
و به همین ترتیب تا حداکثر هشت نفر به عنوان نماینده حوزه مربوطه به عنوان عضو مجمع عمومی انتخاب می‌شوند.
ماده ۷- وظایف مجمع عبارتند از:
الف- استماع گزارش شورای عالی، رئیس کل و بازرسان و تصویب سیاست‌های کلان پیشنهادی شورای عالی.
ب- انتخاب اعضای اصلی و علی‌البدل شورای عالی برای دوره چهار ساله و بازرسان به طور سالانه.
ج– مذاکره و اتخاذ تصمیم در سایر اموری که در دستور کار جلسه قرار دارد و طبق قوانین و آئین‌نامه‌های مربوطه و سایر ضوابط به عهده سازمان و در صلاحیت مجمع می‌باشد.
تبصره ۱- اعضای مجمع به شرح مندرج در ماده (۶) این قانون به مدت چهار سال انتخاب می‌شوند و آئین‌نامه داخلی مجمع به پیشنهاد شورای عالی به تصویب مجمع خواهد رسید.
تبصره ۲- در اولین جلسه در مورد انتخاب رئیس و دو نفر نائب رئیس و یک نفر منشی مجمع بر اساس آئین‌نامه‌ای که با پیشنهاد شورای عالی به تصویب مجمع می‌رسد اتخاذ تصمیم می‌گردد.
ماده ۸- اعضاء شورای عالی عبارتند از:
الف– بیست و پنج نفر از کادر پزشکی به ترتیب: سیزده نفر پزشک، سه نفر دندانپزشک، سه نفر دکترای علوم آزمایشگاهی تشخیص طبی، دو نفر کارشناس مامائی، دو نفر از سایر لیسانسیه‌های پروانه‌دار گروه پزشکی.
ب- دو نفر از اعضاء کمیسیون بهداشت و درمان به معرفی کمیسیون بهداشت و درمان و انتخاب مجلس شورای اسلامی (به عنوان ناظر) و یک نفر از کادر پزشکی به انتخاب وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و رئیس سازمان پزشکی قانونی کشور.
تبصره ۱- مجمع عمومی یک سال قبل از انتخابات نسبت به اضافه نمودن و ترکیب و تعداد اعضاء شورای عالی (موضوع بند (الف) این ماده) مطابق با پیشنهاد شورای عالی تصمیم‌گیری خواهد نمود.
تبصره ۲- جلسات شورای عالی نظام پزشکی که حداقل هر سه ماه یکبار تشکیل می‌شود با حضور دو سوم اعضاء شورا با رای اکثریت نسبی اعضاء رسمی شورا برای مدت دو سال انتخاب می‌گردند.
تبصره ۳- وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و معاونین ایشان و نیز افرادی که از طرف وزیر تعیین می‌شوند می‌توانند در تمام جلسات شورای عالی و هیات مدیره نظام پزشکی با حق اظهارنظر و بدون حق رای شرکت نمایند.
تبصره ۴- شورای عالی نظام پزشکی دارای یک رئیس، دو نایب رئیس و یک دبیر خواهد بود که از بین اعضاء شورا با رای اکثریت نسبی اعضاء رسمی شورا برای مدت دو سال انتخاب می‌گردند.
تبصره ۵- دبیر شورای عالی مسئول تشکیل جلسات و اداره دبیرخانه شورا خواهد بود. اداره جلسات شورا به عهده رئیس یا نایب رئیس شورا خواهد بود.
تبصره ۶- کلیه اعضاء انتخابی شورای عالی می‌بایست در انتخابات هیات مدیره شهرستان‌ها شرکت و انتخاب شده باشند.
ماده ۹- رئیس کل سازمان بالاترین مقام اجرایی، اداری و مالی و نماینده قانونی سازمان در کلیه مراجع با حق توکیل به غیر و یا نماینده وی می‌باشد و در حدود مصوبات مجمع عمومی و شورای عالی و مقررات و ضوابط مربوط دارای اختیار کامل است که از طرف مجمع عمومی از بین منتخبین هیات مدیره سراسر کشور برای مدت چهار سال انتخاب و به رئیس جمهور جهت صدور حکم معرفی می‌شود.
تبصره ۱- مجمع عمومی می‌تواند انتخاب و معرفی رئیس کل را به شورای عالی منتخب خود واگذار نماید.
تبصره ۲- شورای عالی حق استیضاح رئیس کل را دارد و در صورتی که دو سوم اعضای شورای عالی رای عدم اعتماد به رئیس کل بدهند وی عزل می‌گردد و مجمع عمومی فوق‌العاده جهت انتخاب رئیس کل تشکیل می‌شود. در این فاصله رئیس شورای عالی سرپرستی سازمان را عهده‌دار خواهد بود.
ماده ۱۰- در هر شهرستان که تعداد مشمولان ماده (۴) این قانون در آن حداقل یکصد نفر باشد نظام پزشکی شهرستان تشکیل خواهد شد.
تبصره – کلیه شهرستان‌هائی که در دوره قبل هیات مدیره داشتند حتی اگر تعداد اعضاء آنها کمتر از یکصد نفر باشد از این ماده مستثنی هستند.
ماده ۱۱- هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان تا پانصد نفر پزشک، مرکب از یازده نفر به شرح زیر می‌باشد:
الف- شش نفر از پزشکان به انتخاب پزشکان شهرستان.
ب- یک نفر دندانپزشک به انتخاب دندانپزشکان شهرستان.
ج- یک نفر دکتر داروساز به انتخاب دکترهای داروساز شهرستان.
د- یک نفر دکتر علوم آزمایشگاهی به انتخاب دکترهای علوم آزمایشگاهی شهرستان.
هـ – یک نفر لیسانسیه مامائی یا بالاتر به انتخاب گروه مامائی شهرستان.
و– یک نفر لیسانسیه پروانه‌دار گروه پزشکی یا بالاتر به استثناء گروه پرستاران به انتخاب گروه لیسانسیه‌دار یا بالاتر پروانه‌دار گروه پزشکی شهرستان.
تبصره- مادامی که انتخاب افراد موضوع بندهای (ب)، (ج)، (د)، (هـ) و (و) ماده فوق صورت نپذیرد، به جای هر کدام آنها یک پزشک انتخاب خواهد شد.
ماده ۱۲- هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان‌هایی که بیش از پانصد نفر عضو داشته باشد مرکب از هفده نفر به شرح ذیل می‌باشد:
الف- ده نفر پزشک به انتخاب پزشکان شهرستان‌های مربوطه.
ب- دو نفر دندانپزشک به انتخاب دندانپزشکان شهرستان‌های مربوطه.
ج- دو نفر داروساز به انتخاب دکترهای داروساز شهرستان‌های مربوطه.
د- یک نفر از متخصصین یا دکترهای علوم آزمایشگاهی تشخیص طبی به انتخاب دکترهای علوم آزمایشگاهی تشخیص طبی شهرستان‌های مربوطه.
هـ – یک نفر لیسانسیه مامائی یا بالاتر به انتخاب ماماهای شهرستان مربوطه.
و- یک نفر لیسانسیه پروانه‌دار گروه پزشکی یا بالاتر به انتخاب فارغ‌التحصیلان کارشناسی و بالاتر.
تبصره ۱- نظام پزشکی شهرستان مرکز استان یا یکی از شهرهای نزدی با تصویب شورای عالی عهده‌دار وظایف نظام پزشکی شهرستان‌های تابعه استان که در آن نظام پزشکی تشکیل نشده است نیز می‌باشد.
تبصره ۲- اعضاء شهرستان‌هائی که امکان تشکیل هیات مدیره را ندارند می‌توانند در انتخابات یکی از سایر شهرستان‌های تابعه شرکت کنند.
ماده ۱۳- رئیس هیات مدیره هر یک از شهرستان‌ها از بین منتخبین هر شهرستان با پیشنهاد هیات مدیره مربوطه و صدور حکم رئیس کل سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران برای مدت چهار سال منصوب می‌گردد.
تبصره ۱- روسای هیات مدیره شهرستان‌ها همان وظایف و اختیارات رئیس کل سازمان نظام پزشکی در محدوده سازمان نظام پزشکی شهرستان مربوطه به استثنای وظایف خاص رئیس کل را به عهده خواهند داشت.
تبصره ۲- میزان و طرز وصول حق ثبت نام سالانه اعضاء و دیگر مقررات اداری و مالی سازمان و نحوه هزینه بودجه پس از تصویب شورای عالی به مرحله اجراء در خواهد آمد.
ماده ۱۵- وظایف شورای عالی نظام پزشکی به شرح زیر می‌باشد:
الف- اجرای دقیق وظایف مقرر در ماده (۳) این قانون و نظارت مستمر بر حسن اجرای آنها از طریق رئیس کل سازمان.
ب- نظارت بر عملکرد نظام پزشکی شهرستان‌ها.
ج- نظارت بر عملکرد صندوق تعاون و رفاه وابسته به سازمان نظام پزشکی.
د- رسیدگی به تخلفات انضباطی هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان‌ها ارجاعی از طرف شورای هماهنگی استان و رفع اختلاف بین آنها.
هـ – تهیه و تصویب دستورالعمل‌های اجرایی لازم در چارچوب این قانون.
و- انحلال هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان‌ها و برگزاری انتخابات مجدد در چارچوب این قانون.
ز- تصویب بودجه سالیانه سازمان نظام پزشکی جمهوری اسلامی ایران.
تبصره- هیات مدیره نظام پزشکی شهرستان‌ها در موارد زیر منحل می‌گردند:
۱- عدول و تخطی از وظایف مقرر در این قانون با تشخیص شورای عالی نظام پزشکی.
۲- فوت یا استعفاء یا غیبت غیرمجاز بیش از یک دوم اعضاء هیات مدیره برای چهار جلسه متوالی.
ماده ۱۶- وظایف نظام پزشکی شهرستان به شرح زیر است:
الف– نظام پزشکی شهرستان کلیه اختیارات و وظایف سازمان نظام پزشکی به استثنای مواردی که در صلاحیت رئیس کل، مجمع عمومی و شورای عالی می‌باشد را در محدوده شهرستان مربوطه دارا خواهد بود.
ب- اجرای مصوبات شورای عالی در سطح شهرستان.